تأسست الجامعة عام 1417هـ/1997م برعاية السيد الشهيد الصدر (قد سره) و الهدف منها استقطاب حملة الشهادات الأكاديمية الى الحوزة العلمية و احتضانهم في مشروع طموح يجمع بين الدراستين ويجدد في عناصر شخصية الحوزويين وقد وضع فكرته السيد الشهيد الصدر الأول (قد سره) ونفذها السيد الشهيد الصدر الثاني (قد سره) و اختار الشيخ اليعقوبي لعمادتها باعتباره يحمل شهادة أكاديمية راقية وفضيلة حوزوية عالية وقد حافظ سماحته بحكمة و شجاعة على استمرار المشروع بعد استشهاده وبعد سقوط النظام بادر الى فتح فروع للجامعة في المحافظات والتي تجاوزت ألان(24) فرعاً (1)و مجموع طلبتها (2000) تقريبا في محافظات الوسط و الجنوب ، ستة منها في بغداد و اثنان في النجف الأشرف وقد كتب سماحته النظام الداخلي للجامعة ومفردات مناهجها ونشاطاتها ونظام العمل بفروعها في كتاب (جامعة الصدر الدينية :الهوية والانجازات) ومدة الدراسة فيها ثمان سنوات تُمثّل الثلاثة الأولى منها كلية (التوجيه الديني و الإصلاح الاجتماعي) و الثلاثة الثانية (كلية إعداد المدرسين) و السابعة و الثامنة (كلية الاجتهاد المقيد) يتأهل تزامنا معها لحضور البحث الخارج، وقد تخرجت منها عدة دورات لحد الآن .